Struktur Kurikulum adalah susunan atau bangunan kurikulum pada Madrasah yang memuat konsep tentang bagaimana sebuah pelajaran harus dijalankan pada sebuah Madrasah. Dengan adanya struktur kurikulum ini, madrasah mempunyai pedoman tentang berapa alokasi yang dibutuhkan untuk tiap mata pelajaran dan muatan apa saja yang bersifat prioritas dan pilihan. Hal tersebut sekaligus membuka peluang bagi tiap Madrasah untuk melakukan inovasi-inovasi. Sehingga pelaksanaan pembelajaran disuatu Madrasah dapat disesuaikan dengan karakteristik daerah maupun karakteristik Madrasah itu sendiri dengan memasukkan pada muatan-muatan lokal.